| 1893 |
Fondation du Fußball Club Mülhausen. La ville de Mulhouse fait partie de l'Empire Allemand. |
| 1918 |
A la fin de la guerre, la ville de Mulhouse réintègre le territoire français. Le club est rebaptisé Football Club de Mulhouse. |
| 1928 |
Défaite en 1/2 finale de Coupe de France contre le CA Paris (0-1). |
| 1932/33 |
Obtention du statut professionnel. Le FC Mulhouse est l'un des 20 clubs à participer au premier championnat de France de football Division 1 (D1). Le 1er match de l'histoire du FC Mulhouse en D1 se solde par une défaite contre le Club Français (2-3). La 1ère victoire est obtenue lors de la 3ème journée contre le Hyères FC (3-1). 10ème et dernier du Groupe A, le FC Mulhouse est relégué en Division 2 (D2). |
| 1933/34 |
D2. 3ème du Groupe Nord, le FC Mulhouse se qualifie pour les barrages et accède en D1 grâce à sa 2ème place dans le Groupe de Promotion. |
| 1934/35 |
6ème de D1. |
| 1935/36 |
13ème de D1. |
| 1936/37 |
16ème et dernier de D1, le FC Mulhouse est relégué en D2. |
| 1937/38 |
D2. 4ème du Groupe de Qualification Est puis 15ème du Groupe de Promotion (D2). |
| 1938/39 |
D2. 8ème. |
| 1939/40 |
2ème guerre mondiale. Les championnats officiels de football sont interrompus et le professionnalisme est abandonné. |
| 1940/41 |
A la suite de l'annexion de l'Alsace par l'Allemagne, le FC Mulhouse est rebaptisé Fußball Club Mülhausen 1893 et rejoint la Gauliga Alsace du championnat d'Allemagne. 1er du Groupe Sud et vainqueur de la finale de Gauliga Alsace contre le RC Strasbourg (3-1, 1-2), le FC Mülhausen se qualifie pour la phase nationale et échoue à la 4ème place du Groupe 3. |
| 1941/42 |
Gauliga Alsace. 4ème. |
| 1942/43 |
Gauliga Alsace. 1er, le FC Mülhausen se qualifie pour la phase nationale du championnat d'Allemagne et échoue au 1er tour contre Sarrebruck (1-5). |
| 1943/44 |
Gauliga Alsace. 1er, le FC Mülhausen se qualifie pour la phase nationale du championnat d'Allemagne et échoue en 1/8 de finale contre Sarrebruck (3-5). |
| 1944/45 |
2ème guerre mondiale. Les championnats officiels de football sont interrompus. |
| 1945/46 |
Le club est rebaptisé Football Club de Mulhouse 1893, rejoint le championnat de France en D2 et obtient le statut professionnel. 14ème et dernier du Groupe Nord, le FC Mulhouse est relégué en Division Honneur (D3) et abandonne son statut professionnel. |
| 1946/47 |
DH Alsace (D3). 1er du Groupe Haut-Rhin et victorieux de la finale de DH contre le RC Strasbourg B, le FC Mulhouse se qualifie pour la Phase Finale de CFA et termine 2ème du Groupe B. |
| 1947/48 |
DH Alsace (D3). 2ème, le FC Mulhouse est promu en CFA (D3). |
| 1948/49 |
CFA (D3). 6ème du Groupe Est. |
| 1949/50 |
CFA (D3). 3ème du Groupe Est. |
| 1950/51 |
CFA (D3). 7ème du Groupe Est. |
| 1951/52 |
CFA (D3). 7ème du Groupe Est. |
| 1952/53 |
CFA (D3). 3ème du Groupe Est. |
| 1953/54 |
CFA (D3). 1er du Groupe Est, le FC Mulhouse se qualifie pour le Groupe de Finale et termine 3ème. |
| 1954/55 |
CFA (D3). 3ème du Groupe Est. |
| 1955/56 |
CFA (D3). 1er du Groupe Est, le FC Mulhouse se qualifie pour le Groupe de Finale et termine 2ème. |
| 1956/57 |
CFA (D3). 1er du Groupe Est, le FC Mulhouse se qualifie pour le Groupe de Finale et termine 3ème. |
| 1957/58 |
CFA (D3). 1er du Groupe Est, le FC Mulhouse se qualifie pour le Groupe de Finale et termine 2ème. |
| 1958/59 |
CFA (D3). 2ème du Groupe Est. |
| 1959/60 |
CFA (D3). 4ème du Groupe Est. |
| 1960/61 |
CFA (D3). 3ème du Groupe Est. |
| 1961/62 |
CFA (D3). 8ème du Groupe Est. |
| 1962/63 |
CFA (D3). 1er du Groupe Est, le FC Mulhouse se qualifie pour le Groupe de Finale et termine 5ème. |
| 1963/64 |
CFA (D3). 2ème du Groupe Est. |
| 1964/65 |
CFA (D3). 6ème du Groupe Est. |
| 1965/66 |
CFA (D3). 4ème du Groupe Est. |
| 1966/67 |
CFA (D3). 5ème du Groupe Est. |
| 1967/68 |
CFA (D3). 5ème du Groupe Est. |
| 1968/69 |
CFA (D3). 6ème du Groupe Est. |
| 1969/70 |
CFA (D3). 9ème du Groupe Est. |
| 1970/71 |
Intégration dans le championnat Open de D2. Le FC Mulhouse termine 8ème du Groupe Nord. |
| 1971/72 |
D2. 8ème du groupe A. |
| 1972/73 |
D2. 6ème du groupe B. |
| 1973/74 |
D2. 10ème du groupe B. |
| 1974/75 |
D2. 14ème du groupe B. |
| 1975/76 |
D2. 16ème du groupe B, le FC Mulhouse est relégué en Division 3 (D3). |
| 1976/77 |
D3. 4ème du Groupe Est. |
| 1977/78 |
D3. 3ème du Groupe Est, le FC Mulhouse est promu en D2. |
| 1978/79 |
D2. 13ème du groupe B. |
| 1979/80 |
D2. 16ème du groupe B, le FC Mulhouse est relégué en D3. |
| 1980/81 |
D3. 2ème du Groupe Est, le FC Mulhouse est promu en D2 et obtient le statut professionnel. |
| 1981/82 |
D2. 2ème du Groupe B, le FC Mulhouse se qualifie pour les barrages et accède en D1 grâce à sa victoire au 2ème tour contre le Valenciennes FC (5-2, 1-1). |
| 1982/83 |
20ème et dernier de D1, le FC Mulhouse est relégué en D2. |
| 1983/84 |
D2. 7ème du groupe B. |
| 1984/85 |
D2. 2ème du Groupe A, le FC Mulhouse se qualifie pour les barrages mais échoue au 2ème tour contre le Stade Rennais (0-1, 2-4). |
| 1985/86 |
D2. 2ème du Groupe B, le FC Mulhouse se qualifie pour les barrages mais échoue au 3ème tour contre l'AS Nancy Lorraine (0-3, 2-0). |
| 1986/87 |
D2. 3ème du Groupe A, le FC Mulhouse se qualifie pour les barrages mais échoue au 1er tour contre l'Olympique Lyonnais (3-4). |
| 1987/88 |
D2. 3ème du Groupe B, le FC Mulhouse se qualifie pour les barrages mais échoue au 1er tour contre l'Olympique Lyonnais (0-4). |
| 1988/89 |
D2. 1er du Groupe A, le FC Mulhouse est promu en D1. Défaite en finale de D2 contre l'Olympique Lyonnais (1-2, 1-2). |
| 1989/90 |
20ème et dernier de D1, le FC Mulhouse est relégué en D2. |
| 1990/91 |
D2. 10ème du Groupe A. |
| 1991/92 |
D2. 11ème du Groupe B. |
| 1992/93 |
D2. 11ème du Groupe A. |
| 1993/94 |
D2. 14ème. |
| 1994/95 |
D2. 14ème. |
| 1995/96 |
D2. 14ème. |
| 1996/97 |
D2. 12ème. |
| 1997/98 |
D2. 22ème et dernier, le FC Mulhouse est relégué en National (D3). |
| 1998/99 |
National (D3). 15ème, le FC Mulhouse est relégué en CFA (D4) et abandonne son statut professionnel à la suite d'un dépôt de bilan. Le club est rebaptisé Football Club de Mulhouse Sud-Alsace. |
| 1999/00 |
CFA (D4). 10ème du Groupe A. Le club est rebaptisé Football Club de Mulhouse 2000. |
| 2000/01 |
CFA (D4). 11ème du Groupe A. |
| 2001/02 |
CFA (D4). 8ème du Groupe A. |
| 2002/03 |
CFA (D4). 10ème du Groupe B. |
| 2003/04 |
CFA (D4). 16ème du Groupe B, le FC Mulhouse est relégué en CFA 2 (D5). |
| 2004/05 |
CFA 2 (D5). 2ème du Groupe B (1er Amateur), le FC Mulhouse est promu en CFA (D4). L Le club reprend son nom d'origine Football Club de Mulhouse. |
| 2005/06 |
CFA (D4). 11ème du Groupe A. |
| 2006/07 |
CFA (D4). 9ème du Groupe A. |
| 2007/08 |
CFA (D4). 14ème du Groupe B. |
| 2008/09 |
CFA (D4). 3ème du Groupe A. |
| 2009/10 |
CFA (D4). 12ème du Groupe A. |
| 2010/11 |
CFA (D4). 12ème du Groupe B. |
| 2011/12 |
CFA (D4). 8ème du Groupe B. |
| 2012/13 |
CFA (D4). 6ème du Groupe B. |
| 2013/14 |
CFA (D4). 5ème du Groupe B. |
| 2014/15 |
CFA (D4). 3ème du Groupe B. |
| 2015/16 |
CFA (D4). 10ème du Groupe B. |
| 2016/17 |
CFA (D4). 15ème et dernier du Groupe C, le FC Mulhouse est relégué en National 3 (D5). |
| 2017/18 |
National 3 (D5). 6ème du Groupe F. |
| 2018/19 |
National 3 (D5). 1er du Groupe F, le FC Mulhouse est promu en National 2 (D4). 6ème de National 3 tous groupes confondus au total de points. |
| 2019/20 |
National 2 (D4). 12ème du Groupe A, le FC Mulhouse est relégué administrativement en National 3 (D5) à la suite de problèmes financiers. |
| 2020/21 |
National 3 (D5). Saison Blanche. |
| 2021/22 |
National 3 (D5). 8ème du Groupe F, le FC Mulhouse est relégué administrativement en Régional 1 (D6) à la suite d'un déficit budgétaire. |
| 2022/23 |
R1 Grand Est (D6). 5ème du Groupe C. |
| 2023/24 |
R1 Grand Est (D6). 2ème du Groupe C. |
| 2024/25 |
R1 Grand Est (D6). Groupe C. |
