| 2004 |
Fondation du Football Club Ingolstadt 04 le 5 Février à partir de la fusion du MTV Ingolstadt et de l'ESV Ingolstadt-Ringsee. |
| 2004/05 |
Le FC Ingolstadt rejoint la Verbandsliga Bayern (D4) et termine 2ème. |
| 2005/06 |
Verbandsliga Bayern (D4). 1er, le FC Ingolstadt est promu en Regionalliga Sud (D3). |
| 2006/07 |
Regionalliga Sud (D3). 5ème. |
| 2007/08 |
Regionalliga Sud (D3). 2ème, le FC Ingolstadt est promu en Bundesliga 2 (D2). |
| 2008/09 |
Bundesliga 2. 17ème, le FC Ingolstadt est relégué en Liga 3 (D3). |
| 2009/10 |
Liga 3 (D3). 3ème, le FC Ingolstadt se qualifie pour les barrages et accède en Bundesliga 2 grâce à sa victoire contre le Hansa Rostock (1-0, 2-0). |
| 2010/11 |
Bundesliga 2. 14ème. |
| 2011/12 |
Bundesliga 2. 12ème. |
| 2012/13 |
Bundesliga 2. 13ème. |
| 2013/14 |
Bundesliga 2. 10ème. |
| 2014/15 |
Bundesliga 2. 1er, le FC Ingolstadt est promu en Bundesliga (D1). |
| 2015/16 |
11ème de Bundesliga. |
| 2016/17 |
17ème de Bundesliga, le FC Ingolstadt est relégué en Bundesliga 2. |
| 2017/18 |
Bundesliga 2. 9ème. |
| 2018/19 |
Bundesliga 2. 16ème, le FC Ingolstadt est relégué en Liga 3 après sa défaite en barrage contre Wehen (2-1, 2-3). |
| 2019/20 |
Liga 3. 4ème, le FC Ingolstadt se qualifie pour les barrages mais échoue contre le FC Nuremberg (0-2, 3-1). Le FC Ingolstadt reste en Liga 3. |
| 2020/21 |
Liga 3. 3ème, le FC Ingolstadt se qualifie pour les barrages et accède en Bundesliga 2 grâce à sa victoire contre Osnabrück (3-0, 1-3). |
| 2021/22 |
Bundesliga 2. 18ème et dernier, le FC Ingolstadt est relégué en Liga 3. |
| 2022/23 |
Liga 3. 11ème. |
| 2023/24 |
Liga 3. 10ème. |
| 2024/25 |
Liga 3. |
